政府根据国家《畜禽规模养殖污染防治条例》，出台操作性强的地方性法规或规章，针对不同养殖规模、养殖种类以及新建、改扩建养殖场（户）制订粪便防治实施细则，使环保执法有法可依。第二，地方环保执法部门和行业管理部门加强对畜禽养殖场（户）的宣传指导，对造成环境污染拒不改正的养殖场（户）及时查处，提高养殖户参与的积极性和紧迫性。同时，部分地区可以按照养殖规模和排污量收取一定的环境污染治理费或排污费，将收取的部分环境污染治理费或排污费用于粪便集中收集处理体系的收集、转运、处理等服务，及时公开费用支出明细，接受养殖场（户）及周边群众监督。第三，组织实施畜禽养殖粪便集中收集处理体系基础建设任务，包括：建设畜禽粪便集中处理中心、投建有机肥生产线、扶持每个指定的养殖场（户）建设粪便存贮池和干粪堆积棚、建设种植基地粪便贮存利用设施等。第四，政府可以委托第三方（企业）经营管理畜禽粪便集中处理中心，政负责购买服务和监督考核。