有机肥发酵高温时间堆稳升至45℃以上即进入高温时间，在这一时间，嗜温微生物遭到按捺乃至逝世，而嗜热微生物则上升为主导微生物。有机肥造粒机在造粒前在堆肥中残留的和新构成的可溶性有机物质持续被氧化分化，杂乱的有机物如半纤维素-纤维素和蛋白质也开端被激烈分化。

　　有机肥发酵的微生物活动替换呈现，通常在60℃的时分最激烈的是嗜热性真菌和放线菌，温度上升到70℃时真菌简直彻底中止活动，仅有嗜热性细菌和放线菌活动，温度上升到80℃时大多数嗜热性微生物已不再习惯，并大批进入休眠和逝世时间，现代化有机肥出产线对堆肥出产的最佳温度通常为60℃,由于大多数微生物在该温度范围内最活泼，最易分化有机物，而病原菌和寄生虫大多数可被杀死。从而分解出粪便里边的有害物质，并保留有机肥原料里边的有益菌种的存活，从而大大改良土壤作用。